Fakultas Sains Teknologi mulai berdiri ketika kampus Universitas Muhammadiyah PKU Surakarta masih bernama Institut Teknologi Sains dan Kesehatan PKU Muhammadiyah PKU Surakarta atau yang biasa disebut ITSPKU. FST berdiri sebagai induk dari 2 program studi satu program sarjana dan satunya program sarjana terapan. Program Studi Tersebut adalah Program Studi S1 Informatika dan Program Studi D4 Elektromedis.